Многочисленны и разнообразны, наиболее распространены иммунная супрессия, анемия и лимфома. У большинства животных развиваются вторичные заболевания, связанные с FeLV. До 70-90% таких кошек умирают в течение 18 месяцев - трех лет. Некоторые кошки могут остаться здоровыми и прожить несколько лет до того, как начнут проявляться болезни, связанные с FeLV.
Иммуносупрессия, развившаяся как следствие FeLV, протекает более сложно и тяжело, нежели вызванная вирусом иммунодефицита кошек (FIV). Независимо от наличия или отсутствия явных клинических признаков, каждая FeLV-инфицированная кошка страдает от иммунной супрессии. Иммунная супрессия может иметь множество клинических последствий, а также привести к заражению другими первичными возбудителями инфекции, к которым кошки обычно резистентны, например, Salmonella spp. Кроме того, может вспыхнуть острое заболевание, вызванное другими патогенами, как, например, поксвирусом Mycoplasma haemofelis и Cryptococcus, а также возбудителями инфекций, обычно не являющимися патогенными для кошек, например, Toxoplasma gondii.
Сопутствующая FeLV инфекция может спровоцировать предрасположенность к хроническим заболеваниям, таким как стоматит или хронический ринит. FeLV может спровоцировать появление различных новообразований, как правило, лимфом и лейкоза, но также и других злокачественных опухолей. Известны иммунно-опосредованные заболевания, связанные с инфицированием FeLV, включая гемолитическую анемию, гломерулонефрит и полиартрит.
Кроме того, как сопутствующие лейкемии, отмечены воспалительные и деструктивные процессы в печени и хронический энтерит. Описаны случаи неврологических расстройств, не связанных с лимфомой ЦНС или оппортунистическими инфекциями ЦНС; в основном, это периферийные нейропатии, такие как анизокория, мидриаз, синдром Хорнера, непроизвольное мочеиспускание, атипичная вокализация, гиперестезия, парез и паралич.
Описаны также расстройства репродуктивной системы (в основном - резорбция или гибель плодов) и синдром «угасающих котят».